A Última Aliança, e os Tempos Posteriores

O reinado de Sauron foi interrompido novamente quando seus esforços para derrotar os Elfos e Homens sobreviventes falharam, e estes contra-atacaram, lutando até penetrar nos domínios do inimigo. Depois de muitos anos de cerco, as forças da Última Aliança dos Elfos e dos Homens entraram em Mordor. Sauron foi derrotado em uma batalha final aos pés do Orodruim, e por cerca de mil anos, Mordor foi vigiado por Gondor para prevenir que quaisquer forças malignas entrassem ou saíssem de lá.
Porém, a longo termo Gondor falhou, e sem guardas, Mordor começou a se armar de entidades malignas novamente. Minas Ithil foi conquistada pelos Nove Nazgûl; outras fortificações que foram dispostas para defender Gondor da ameaça representada por Mordor acabaram se tornando meios de proteger Mordor. Quando Sauron finalmente retornou após sua suposta derrota em Dol Guldur (nos eventos que se passaram na época em que Bilbo Baggins vivia as aventuras narradas em O Hobbit), Mordor já estava muito bem protegida para ser capturada por qualquer força militar disponível na Terra Média, ao final da Terceira Era. Ao norte de Mordor durante a Guerra do Anel, haviam grandes guarnições e verdadeiras indústrias de armas, enquanto ao sul, ao redor do Mar de Núrnen, ficavam os vastos campos que provisionavam os exércitos de escravos trazidos das terras a sul e leste de Mordor.
Depois da derrota final de Sauron, Mordor ficou novamente vazia, pois os Orcs que lá viviam fugiram ou foram mortos. Apesar de destruída por anos de descuidos e abusos, mas mesmo assim ainda capaz de sustentar vida, a terra de Mordor foi doada aos inimigos derrotados de Gondor como uma consolação.